Некоторым сотрудникам компании также было неприятно, что Дагган распространяет в офисе саентологические учения и, похоже, включает их в философию компании. Дагган рассказывал сотрудникам об обмене в изобилии - о том, что люди или компании отдают клиентам или партнерам больше, чем получают, и что это может привести к таким положительным результатам, как привлечение новых клиентов, доверие и лояльность. Привычка Даггана постоянно определять слова в середине разговора также была воспринята как учение Л. Рона Хаббарда. Рамзес Эрдтманн, который пришел в Pharmacyclics на должность финансового директора, в дружеской манере побудил Франциско Сальву посещать саентологические собрания. Поэтому Сальва отправился в дом Саентологической церкви в Сан-Франциско, расположенный в историческом здании Transamerica Building, чтобы посетить несколько занятий. Он не стал продолжать эту тему, а Эрдтманн больше никогда не поднимал ее.
Но в чем Дагган действительно разбирался, так это в патентах. Успешная продажа Computer Motion во многом была обусловлена патентной стратегией компании и судебными процессами. Не было бы смысла выяснять, работают ли препараты Pharmacyclics, если бы компания не запатентовала интеллектуальную собственность. Доклиническая группа Pharmacyclics приступила к работе по составлению заявок в Бюро по патентам и товарным знакам США. В результате был выдан первый патент на препарат PCI-32765. Но в нее также вошли более широкие патенты на ингибиторы BTK, написанные Эриком Вернером, который изменил ядро молекулы путем модификации гетероциклов и перемещения азота.
Дагган быстро освоился с управлением компанией в области биологических наук и решил стать полноправным генеральным директором, отказавшись от временного статуса. Ему нравился вызов, и больше всего на свете он хотел, чтобы преуспела компания, а не какой-то отдельный препарат. Почему он не мог этого сделать? Дагган сформулировал миссию Pharmacyclics, и первыми ее словами были "создание жизнеспособной биофармацевтической компании". Его планы были возвышенными и расплывчатыми - найти "перспективных кандидатов в препараты" и разработать их, "чтобы изменить ситуацию к лучшему".
На практике Дагган создал экспертную комиссию, которая должна была проконсультировать его по поводу того, что делать с кситрином. После всестороннего рассмотрения никто из членов комиссии не решил, что имеет смысл начинать новое испытание кситрина. Вердикт был единогласным, и Дагган не мог его проигнорировать, особенно в условиях падения курса акций и отсутствия средств для проведения еще одного дорогостоящего испытания кситрина на поздней стадии. Дагган был непоколебим в своих стремлениях, но при этом умел быстро переключаться с одного решения на другое, как он показал себя в бизнесе по производству печенья.
"Причина, по которой мы сюда пришли, больше не жизнеспособна, и нам придется продолжать", - объяснял Дагган. В феврале 2009 года , Дагган приостановил все новые клинические разработки препарата для лечения рака мозга. Три препарата, которые Pharmacyclics приобрела у Celera, теперь по умолчанию считались более выгодными.
Чтобы продвигать эти препараты, Даггану потребовался главный врач и человек, который бы руководил клинической разработкой лекарств.