Стэнфорд стал центром исследований в области лимфомы, рака крови. Существуют различные типы лимфом, но все они начинаются с белых кровяных клеток иммунной системы, называемых лимфоцитами, обычно либо В-клеток, либо Т-клеток, которые становятся злокачественными и выходят из-под контроля.
Рон Леви, звезда Стэнфорда, привлек Миллера к участию в передовом исследовательском проекте по изучению так называемых моноклональных антител. Это синтетические белки, полученные в лаборатории от людей и мышей, которые активизируют иммунную систему для атаки раковых клеток и других заболеваний. Моноклональные антитела потенциально могут предложить способ лечения лимфомы.
Леви и Миллер были настолько воодушевлены, что основали компанию для коммерциализации этой технологии, а затем, в 1985 г., объединились с другими компаниями и основали Idec Pharmaceuticals. Им было легко привлечь средства крупных венчурных капиталистов с улицы Sand Hill Road, расположенной недалеко от кампуса Стэнфорда. Финансирование возглавил Брук Байерс из известной фирмы Kleiner Perkins Caufield & Byers, который привлек профессионального генерального директора.
Тринадцать лет спустя компания Idec выпустила ритуксимаб - первое моноклональное антитело, одобренное FDA для лечения рака, в частности неходжкинской лимфомы. Препарат будет продаваться под торговым названием Rituxan. Когда компания Idec только создавалась, Леви остался работать в Стэнфорде, а Миллер покинул университет и присоединился к Idec с момента ее основания, чтобы руководить исследованиями. На случай, если биотехнологии не дадут результата, Миллер продолжал заниматься врачебной практикой в Стэнфордском медицинском центре. Миллеру нравилось помогать пациентам, и до конца своей карьеры он продолжал принимать их один раз в неделю во второй половине дня.
Одним из пациентов Миллера, страдающих раком, был Джонатан Сесслер. Их отношения длились уже много лет, поскольку Миллер впервые начал лечить Сесслера, когда тот еще работал лечащим врачом в Стэнфорде. В то время Сесслер работал над докторской диссертацией по химии в Стэнфорде. В колледже у Сесслера была диагностирована лимфома, которая успешно лечилась с помощью облучения, но когда он впервые появился в клинике Миллера, молодому врачу пришлось сообщить Сесслеру, что его рак вернулся. Миллер лечил Сесслера шесть месяцев жестокой химиотерапией. Все было настолько плохо, что перед приемом химиопрепаратов Сесслера рефлекторно начинало тошнить.
Как ни трудно было Сесслеру, лечение помогло, и он стал профессором химии в Техасском университете в Остине. Но опыт лечения рака оставил неизгладимый след и побудил его применить свои знания в области химии для лечения рака. Сесслер продолжал посещать Миллера для последующих встреч и во время визитов в клинику информировал Миллера о своих последних работах и идеях.
На одной из встреч Сесслер рассказал о синтезе новых кольцеобразных молекул, способных удерживать в своей основе тяжелые металлы, такие как гадолиний, что может сделать опухолевые клетки более чувствительными к облучению. По его мнению, их можно сконструировать таким образом, чтобы они избирательно накапливались в раковых клетках. Форма этих молекул напомнила Сесслеру пятиконечную звезду на государственном флаге Техаса, поэтому он назвал их тексафринами. Миллер был заинтригован. Повышение эффективности лучевой терапии могло бы изменить ситуацию с лечением рака. "Джонатан, мы можем создать на этом компанию", - сказал он.
В 1991 г. Миллер покинул компанию Idec и вместе с Сесслером основал компанию Pharmacyclics. Он привлек деньги от тех же венчурных капиталистов, которые поддерживали Idec, и на этот раз Миллер получил право руководить компанией в качестве генерального директора. Он был в восторге от и верил в подход "тексафрин" и полученный препарат "Кситрин". Так же, как и Уолл-стрит. К 2000 году Pharmacyclics стала публичной компанией, акции которой продавались по 80 долларов, а рыночная стоимость превышала 1 млрд. долларов.